ปุ๋ยอินทรีย์ และปุ๋ยเคมี ซึ่งปุ๋ยทั้งสองชนิดนี้ ได้ชื่อว่าเป็นสารอาหารของพืชเหมือนกัน แต่ประโยชน์ในการใช้งานของปุ๋ยทั้งสองชนิดนี้กลับไม่เหมือนกัน ซึ่งปุ๋ยเคมีถูกคิดค้นขึ้นเพื่อเป็นสารอาหารให้กับพืชอย่างเดียวไม่มีประโยชน์ด้านอื่น เพราะมนุษย์รู้ว่าพืชแต่ละชนิดต้องการธาตุอาหารแต่ละอย่างในปริมาณไม่เท่ากัน จึงคิดสร้างปุ๋ยเคมีให้สามารถผสมออกมาเป็นสูตรต่างๆได้ ให้มีปริมาณสารอาหารสูง ตรงกับที่พืชแต่ละชนิดต้องการ เมื่อพืชได้สารอาหารที่ต้องการเต็มที่ จึงเจริญเติบโตได้ดี มีผลผลิตที่สมบูรณ์และได้ปริมาณผลผลิตมาก แต่เกษตรกรผู้ใช้ต้องมีความรู้เรื่องการใช้ปุ๋ยเคมีพอสมควร เพราะ ปุ๋ยเคมีราคาสูง ถูกชะล้างหรือสูญเสียไปได้ง่าย มีความเข้มข้นสูง หากใช้ปุ๋ยเคมีอย่างไม่ถูกต้อง เช่น ใส่มากเกินไป น้อยเกินไป หรือใส่ไม่ถูกวิธี ก็อาจทำให้ได้ประโยชน์ไม่เต็มที่ อาจทำให้พืชตาย หรือดินเสีย เสี่ยงต่อการขาดทุน
ส่วนปุ๋ยอินทรีย์นั้น เกิดจากการนำเอาซากของสิ่งมีชีวิตต่างๆเช่น ซากพืช ซากสัตว์ มูล เศษอาหาร ฯลฯมาทำให้เสื่อมสลาย โดยใช้จุลินทรีย์เป็นตัวย่อยสลายทำให้ เน่าเปื่อย ผุพัง เสื่อมสภาพ กลายเป็น อินทรียวัตถุที่มีธาตุอาหารของพืชอยู่ครบทุกชนิดและเรียกชื่อว่าปุ๋ยอินทรีย์ เพียงแต่ปุ๋ยอินทรีย์มาจากธรรมชาติจึงทำให้มีธาตุอาหารของพืชในปริมาณน้อยและมีสัดส่วนที่ไม่แน่นอน ต่างจากปุ๋ยเคมีที่ธาตุอาหารเข้มข้นและมีสัดส่วนแน่นอนตามสูตรที่ระบุหน้าถุง แต่ในการใช้ปุ๋ยอินทรีย์เพาะปลูกพืชผลทางการเกษตรนั้น ประโยชน์ด้านการเป็นอาหารแก่พืชนั้นเป็นแค่เรื่องรอง เพราะคุณประโยชน์หลัก นั้นก็เพื่อเป็นอาหารให้กับผืนดิน ช่วยฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ให้กับผืนดิน เพราะปุ๋ยอินทรีย์ ประกอบไปด้วยอินทรียวัตถุและอินทรียสารที่มีคุณสมบัติเฉพาะในการฟื้นฟูผืนดิน ให้กลับมามีคุณสมบัติที่เหมาะสมต่อการใช้เพาะปลูก 3 ด้าน
ด้านแรกปุ๋ยอินทรีย์ ช่วยปรับโครงสร้างของเนื้อดิน เช่น ดินเหนียว หรือ ดินทราย ให้มีความโปร่งร่วนซุย ช่วยให้ดินอุ้มน้ำดีขึ้น หรือระบายน้ำได้คล่อง ช่วยถ่ายเทอากาศในดินให้ดียิ่งขึ้น ซึ่งเป็นผลดีต่อระบบรากของพืช ด้านที่สองเป็นการปรับปรุงชีวภาพในดิน ปุ๋ยอินทรีย์ เป็นแหล่งอาหารชั้นดีให้แก่จุลินทรีย์ที่อยู่ในดิน เมื่อมีอาหารสมบูรณ์ก็ช่วยทำให้ปริมาณของจุลินทรีย์ในดินทั้งหลายเพิ่มปริมาณมากยิ่งขึ้น ทำให้ย่อยสลาย อินทรียวัตถุปลดปล่อยธาตุอาหารที่พืชต้องการออกมาได้มากขึ้นและรวดเร็วยิ่งขึ้น อีกทั้งจุลินทรีย์ในดินบางชนิดยังสามารถยับยั้งเชื้อราหรือกำจัดเชื้อแบคทีเรียบางตัวที่เป็นสาเหตุทำให้เกิดโรคพืชทั่วไปได้อีกด้วย ส่วนด้านที่สามคือปรับสภาพเคมีในดิน เพราะปุ๋ยอินทรีย์ มีคุณสมบัติที่ช่วยดูดซับธาตุอาหารต่างๆในดิน ไม่ให้ถูกน้ำชะล้างออกไปโดยง่าย จึงช่วยเก็บรักษาธาตุอาหารไว้ได้นาน ในกรณีที่ดินได้รับปุ๋ยเคมีซึ่งมีความเป็นกรดสูงเกินไป อินทรียวัตถุยังช่วยดูดซับเอาไว้และรักษาสภาพความเป็นกรดเป็นด่างของดิน ไม่ให้เปลี่ยนแปลงไป
มีเพียงปุ๋ยอินทรีย์เท่านั้น ที่มีคุณสมบัติฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ให้กับดินได้ ดังนั้นจึงไม่เป็นเรื่องเกินเลยถ้าจะกล่าวว่า โลกนี้ขาดปุ๋ยเคมีได้ แต่โลกนี้ไม่สามารถขาดปุ๋ยอินทรีย์ไปได้
