อาหาร คือ ปัจจัยการผลิตที่สำคัญในการเพาะเลี้ยงปลาดุกให้เจริญเติบโตได้เต็มที่ และยังถือว่าเป็นส่วนที่เกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงต้องใช้เงินทุนในสัดส่วนที่สูงสำหรับซื้อหาอาหารมาเลี้ยงปลา เพระต้องให้ปลาได้รับโภชนาการครบและดี เพื่อปลาจะได้มีน้ำหนักมากและมีความสมบูรณ์ตรงตามความต้องการของตลาด สารอาหารที่สำคัญที่จะขาดไม่ได้เลย คือ คาร์โบไฮเดรต โปรตีน ไขมัน วิตามินและแร่ธาตุต่างๆ นอกจากนี้ยังต้องคำนึงถึงปริมาณที่เหมาะสมกับปลาในแต่ละช่วงวัย โดยไม่ให้น้อยเกิดจนปลาไม่แข็งแรงและไม่สมบูรณ์ และไม่มากเกินไปเพราะจำทำให้เกิดค่าใช้จ่ายที่ไม่จำเป็น ทั้งในส่วนของอาหารที่เกินความต้องการ และการถ่ายน้ำจากบ่อ เนื่องจากการเน่าเสียของน้ำที่เกิดได้มากกว่าเดิม
สัดส่วนของโปรตีนที่พึงมีโดยทั่วไปในอาหารปลาควรจะมีประมาณร้อยละ 35-40 โดยรายละเอียดปลีกย่อยของแต่ละวัยอาจจะแตกต่างกันบ้างเล็กน้อย ส่วนคาร์โบไฮเดรตนั้นแม้ว่าปลาจะไม่มีความต้องการสารอาหารชนิดนี้แต่เราควรต้องนำมาผสม เช่น รำข้าวและมันสำปะหลัง เป็นต้น และไขมันควรมีสัดส่วนระหว่างร้อยละ 6-10
การเลือกซื้ออาหารปลาดุกสำเร็จรูปแบบเม็ด นอกจากต้องคำนึงเรื่องโภชนาการแล้ว ยังต้องคำนึงถึงกลิ่นขออาหาร เลี่ยงอาหารที่มีกลิ่นหืน อาหารต้องลอยบนผิวน้ำได้ดี เพราะปลาดุกชอบหาอาหารกินจากบริเวณผิวน้ำ ขนาดเม็ดได้มาตรฐานและอัดแน่นพอเหมาะ อาหารอยู่ในสภาพดี แห้ง ไม่มีรา อาหารสำเร็จรูปโดยส่วนใหญ่ที่นิยมใช้อาหารเม็ดลอยร่วมกับการใช้อาหารเสริมเพื่อลดค่าต้นทุนอาหาร ซึ่งอาหารเสริมที่ใช้กัน ก็คือชิ้นส่วนไก่ที่นำมาบดรวมกับเศษอาหารไก่ ขนมปัง แบบไม่ได้กำหนดสัดส่วนของแต่ละวัตถุดิบอย่างถูกต้องและเหมาะสม
เมื่อไม่นานมานี้ทางกรมประมงได้พัฒนาสูตรอาหารปลาดุกขึ้นมาเพื่อให้เกษตรกรผู้เพาะเลี้ยงปลานำไปใช้ประโยชน์เพื่อลดต้นทุนค่าอาหารปลา โดยสามารถลดต้นทุนได้สูงถึงร้อยละ 40จากการใช้อาหารแบบเดิม เพราะใช้อาหารที่ราคาย่อมเยาลงและมีทั่วไปในแต่ละท้องที่ และปลายังมีน้ำหนักเพิ่มขึ้นถึงร้อยละ 20 เทียบกับการเลี้ยงด้วยอาหารแบบดั้งเดิม และการให้อาหารแบบใหม่นี้ ลดการเน่าเสียของน้ำได้ เพราะไม่เละง่ายเกินไป
สูตรอาหารปลาดุกจากกรมประมงในปริมาณ 10 กิโลกรัมนั้น จะสัดส่วนของอาหารปลา 3.2 กิโลกรัม โครงไก่สดที่บดแล้ว 8.8 กิโลกรัม เศษขนมปังหรือเศษโครงไก่ 4.5 กิโลกรัม ยีสต์ขนมปัง 50 กรัม วิตามินและแร่ธาตุ 10 กรัม นำมาบดเข้าด้วยกันแล้วนำมาใช้เป็นอาหารให้ปลา จะทำให้เนื้อสัมผัสของอาหารเหนียวเกาะติดกันได้ดี ทำให้ไม่เกิดการสิ้นเปลืองจากการแตกและละลายลงในบ่อ ส่วนอาหารสำหรับการอนุบาลลูกปลาดุกนั้น ควรจะต้องเพิ่มแพลงก์ตอน ไรแดงและไข่แดงต้มสุกที่บดละเอียดเป็นอาหารด้วย
