ฟ้าทะลายโจรเป็นพืชสมุนไพรที่ได้รับความนิยมอย่างสูงในประเทศ เป็นไม้ล้มลุกฤดูเดียวและใบมีรสขม ใบเหล่านี้มีสารประกอบที่เป็นประโยชน์จำนวนมากซึ่งสามารถใช้รักษาโรคได้หลากหลาย พืชชนิดนี้นิยมปลูกโดยใช้เมล็ดและผลิตเป็นการค้าในแปลงเปิดเพื่อสกัดสารสำคัญสำหรับการแพทย์แผนไทย ระยะเวลาเก็บเกี่ยวเฉลี่ยของฟ้าทะลายโจรคือ ประมาณ 120 วัน หลังจากนั้นเกษตรกรมักจะเก็บเกี่ยวทั้งต้นและนำไปอบแห้งก่อนขาย เนื่องจากคุณสมบัติทางยาที่น่าสนใจของฟ้าทะลายโจรนี้ทำให้นักวิจัยทั้งในประเทศไทยและนานาชาติให้ความสนใจในการศึกษา การศึกษาที่ผ่านมาในประเทศไทยพบว่าฟ้าทะลายโจรที่ปลูกในภูมิภาคที่แตกต่างกัน อาจมีลักษณะทางกายภาพและปริมาณของสารประกอบที่เป็นประโยชน์แตกต่างกัน อย่างไรก็ตาม การวิจัยโดยใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอแสดงให้เห็นว่าฟ้าทะลายโจรมีความหลากหลายทางพันธุกรรมต่ำ ซึ่งน่าจะเป็นเพราะธรรมชาติที่มีการผสมเกสรตัวเองสูง โครงสร้างและการพัฒนาของดอกส่งเสริมให้เกิดการผสมตัวเอง ทำให้มีโอกาสน้อยที่จะเกิดการผสมข้ามสายพันธุ์
การสร้างสายพันธุ์ใหม่ที่หลากหลายจึงจำเป็นต้องสร้างระดับความแปรปรวนทางพันธุกรรมที่เพิ่มขึ้นในลักษณะที่มีการควบคุม เพื่อที่จะใช้เป็นแหล่งพันธุกรรมในการพัฒนาพันธุ์ฟ้าทะลายโจรในอนาคต อย่างไรก็ตาม การศึกษาในปัจจุบันเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมทั้งในประเทศและต่างประเทศยังขาดความชัดเจน เนื่องจากมีการใช้โมเลกุลเครื่องหมายจำนวนจำกัดและเน้นการศึกษาเฉพาะลักษณะทางกายภาพและปริมาณของสารสำคัญ ยังไม่มีการศึกษาลักษณะทางสรีรวิทยา ซึ่งมีความสำคัญต่อการผลิตพืชและการปรับตัวให้เข้ากับสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ การวิจัยเกี่ยวกับยีนหรือกลุ่มยีนที่ควบคุมการผลิตสารสำคัญของฟ้าทะลายโจรยังไม่สามารถสามารถระบุยีนและกลุ่มยีน รวมทั้งการทำงานของยีนเหล่านี้ในการควบคุมการผลิตปริมาณสารสำคัญที่ชัดเจน ปัจจัยเหล่านี้ชี้ให้เห็นถึงความจำเป็นในการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อพัฒนาฟ้าทะลายโจรสายพันธุ์ใหม่ที่มีปริมาณสารสำคัญสูงและมีลักษณะทางการเกษตรที่เหมาะสมต่อการผลิตอย่างแพร่หลาย ขณะเดียวกันการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมและการแบ่งกลุ่มพันธุกรรมของฟ้าทะลายโจรในประเทศไทยตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบันใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอเป็นหลัก ซึ่งเป็นการศึกษาลำดับเบสส่วนน้อยของจีโนม อย่างไรก็ตาม มีการศึกษาลักษณะเฉพาะทางกายภาพและปริมาณสารสำคัญอย่างจำกัด
สวก. จึงสนับสนุนทุนวิจัยแก่คณะผู้วิจัย จาก ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ โดยมี ดร.อมรทิพย์ เมืองพรหม เป็นหัวหน้าโครงการวิจัย “การพัฒนาพันธุ์ฟ้าทะลายโจรในด้านที่เกี่ยวข้องกับลักษณะทางการเกษตรสำคัญ การให้ผลผลิตและปริมาณสารสำคัญ โดยการใช้วิธีก่อกลายพันธุ์” โครงการนี้ได้ใช้เทคนิคการหาลำดับเบสโดยใช้เทคโนโลยีด้านโอมิกส์ ซึ่งสามารถทำได้อย่างรวดเร็วและมีค่าใช้จ่ายที่ต่ำกว่ามาก การใช้ Double digest restriction-site associated DNA (ddRADseq) ช่วยให้ทราบลำดับเบสจำนวนมากในฟ้าทะลายโจรแต่ละสายพันธุ์ สามารถตรวจหาความแตกต่างของลำดับเบสระหว่างชนิดได้แม่นยำมากขึ้น และทำให้ทราบถึงความหลากหลายทางพันธุกรรมและการจัดกลุ่มพันธุกรรมของฟ้าทะลายโจรในประเทศไทยที่ได้รับจากแหล่งต่างๆ การใช้การแสดงออกของยีนทั่วทั้งจีโนม (RNA-seq) หรือยีนอื่นๆ ที่น่าสนใจควบคู่ไปกับการวัดปริมาณสารในฟ้าทะลายโจรในระยะการเจริญเติบโตต่าง ๆ กัน สามารถระบุชนิดของยีนที่ควบคุมการสร้างสารสำคัญในฟ้าทะลายโจรได้ นำไปสู่การพัฒนาสายพันธุ์ใหม่ที่มีปริมาณสารสำคัญสูงและมีลักษณะทางการเกษตรที่เหมาะสมต่อการผลิตอย่างแพร่หลาย
นอกจากนี้ การใช้สารเคมีก่อให้เกิดการกลายเพื่อสร้างความผันแปรทางพันธุกรรมในฟ้าทะลายโจรอาจส่งผลให้เกิดการพัฒนาพันธุ์ใหม่ทั้งในเชิงคุณภาพและเชิงปริมาณในระยะเวลาอันสั้น ซึ่งไม่ได้เกิดขึ้นตามธรรมชาติหรือเกิดขึ้นไม่บ่อยนัก ซึ่งช่วยแก้ไขปัญหาความหลากหลายทางพันธุกรรมต่ำในฟ้าทะลายผลจากการก่อให้เกิดการกลายพันธุ์และการค้นหาสายพันธุ์กลายโดยการใช้ Phenomics screening และ TILLING อาจใช้เพื่อตรวจหาพันธุ์กลายที่มีลักษณะซับซ้อน เช่น ลักษณะทางสรีรวิทยา วิธีการนี้จะช่วยให้สามารถเลือกสายพันธุ์สำหรับการปลูกในสภาพธรรมชาติของแปลงเปิดเช่นเดียวกับการปลูกในระบบปิดที่มีการควบคุมสภาพแวดล้อม สายพันธุ์เหล่านี้อาจนำไปใช้โดยตรงในการผลิตสารออกฤทธิ์ในเชิงพาณิชย์ หรือใช้เป็นสายพันธุ์ตั้งต้นสำหรับโครงการขยายพันธุ์ฟ้าทะลายโจรในอนาคต
โครงการนี้ได้พัฒนาฟ้าทะลายโจรสายพันธุ์ใหม่และองค์ความรู้พื้นฐานเกี่ยวกับการสร้างสารสำคัญในฟ้าทะลายโจร ผู้ได้รับผลประโยชน์เบื้องต้นจากโครงการนี้ ได้แก่ นักปรับปรุงพันธุ์พืช นักวิจัย นักวิชาการ อาจารย์และนักศึกษา ตลอดจนหน่วยงานราชการ เช่น กรมวิชาการเกษตร มหาวิทยาลัย และหน่วยงานให้ทุนวิจัย ในอนาคตเมื่อสายพันธุ์ฟ้าทะลายโจรที่พัฒนาขึ้นมาได้เกิดความเสถียรทางพันธุกรรมแล้ว ประชาชนทั่วไป ผู้บริโภคและผู้ผลิต ตลอดจนหน่วยงานเอกชน เช่น บริษัทเมล็ดพันธุ์ บริษัทยา ก็จะได้รับประโยชน์จากโครงการนี้ ลดการพึ่งพาการนำเข้าพันธุ์และผลิตภัณฑ์ที่พัฒนาในต่างประเทศ และยังส่งผลดีต่อการเกษตรและการเติบโตทางเศรษฐกิจในระยะยาวของประเทศต่อไป